Friedrich-Schiller University Jena offers the following position:
PostDoc/PhD students as a research associate (Wissenschaftliche Mitarbeiter)
This position is part of the project Identifying the Unknowns: Towards
structural elucidation of small molecules using mass spectrometry,
funded by the Deutsche Forschungsgemeinschaft. The key objective of this
project is to develop computational methods to "identify the unknowns"
using mass spectrometry, that is, compounds that cannot be found in any
database. For this, we will develop new computational techniques,
models, and algorithms for the interpretation of MS fragmentation data
from small molecules. Besides developing algorithms, we also focus on
their implementation, evaluation, and algorithm engineering. A
particular focus of the position is the analysis of experimental data
(case studies) with the developed methods.
Applicants for this project must have or be about to obtain a Master's
degree or a qualification equivalent to the German Diploma in
bioinformatics, computer science, or mathematics. The applicant should
have an very good background in algorithmics. Introductory course level
knowledge or better in biology and molecular biology is required. Basic
knowledge in (computational) mass spectrometry is helpful. Good
programming skills are required, and experience in software design would
be helpful.
Salary is according to Entgeltgruppe 13 TV-L, either a full position
(for PostDocs) or 3/4 position (for PhD students). This position is a
temporary appointment.
Handicapped applicants will be given preference in case of equal
qualifications.
Please send your application with the usual documents (CV, list of
publications, copies of certificates, preferred via email) until
September 19th 2011 to:
Prof. Dr. Sebastian Böcker
Friedrich-Schiller-Universität Jena
Institut für Informatik
Lehrstuhl für Bioinformatik
Ernst-Abbe-Platz 2
07743 Jena, Germany
Am Lehrstuhl für Bioinformatik, Institut für Informatik der
Friedrich-Schiller Universität Jena ist zum nächstmöglichen Zeitpunkt
die Stelle eines
Wissenschaftlichen Mitarbeiters (Post-Doktorand oder Doktorand)
zu besetzen. Die Stelle ist Teil des von der DFG geförderten Projekts
Identifying the Unknowns: Massenspektrometrische Identifikation kleiner
Moleküle. Im Rahmen dieses Projektes sollen informatische Methoden
entwickelt werden, um unbekannte Substanzen durch Massenspektrometrie zu
identifizieren, die in keiner Datenbank gefunden werden können. Wir
wollen für diese Aufgabe neue Modelle und Algorithmen entwickeln, um MS
Fragmentierungsdaten kleiner Moleküle interpretieren zu können. Neben
der Entwicklung solcher Algorithmen ist auch ihre Implementierung,
Evaluierung sowie Algorithm Engineering. Ein besonderer Fokus wird auf
die Anwendung der entwickelten Methoden auf Messdaten (Fallstudien) gelegt.
Bewerber müssen über ein abgeschlossenes Diplom- oder Master-Studium in
den Bereichen Bioinformatik, Informatik oder Mathematik verfügen, oder
ein solches Studium in nächster Zukunft abschließen. Notwendig sind sehr
gute Kenntnisse in Bereich Algorithmik sowie Grundkenntnisse in den
Bereichen Biologie und Molekularbiologie. Grundkenntnisse in
(algorithmischer) Massenspektrometrie wären wünschenswert. Die
Projektarbeit erfordert gute Programmierkenntnisse, Erfahrung im Bereich
Software Design ist wünschenswert.
Die Vergütung erfolgt gemäß Entgeltgruppe 13 TV-L, es handelt sich um
eine volle Stelle (für Post-Doktoranden) bzw. 3/4 Stelle (für
Doktoranden). Die Möglichkeit zur wissenschaftlichen Qualifikation wird
geboten. Die Stelle ist befristet.
Beiträge zur Lehre der Studiengänge Bioinformatik (Diplom, B.Sc., M.Sc.)
werden in geringen Umfang erwartet.
Schwerbehinderte werden bei gleicher Eignung, Befähigung und fachlicher
Qualifikation bevorzugt berücksichtigt.
Bewerbungen mit den üblichen Unterlagen (Lebenslauf, Publikationsliste,
Zeugniskopien) sind bis zum 19.09.2011 (vorzugsweise via EMail)
einzureichen bei:
Prof. Dr. Sebastian Böcker
Friedrich-Schiller-Universität Jena
Institut für Informatik
Lehrstuhl für Bioinformatik
Ernst-Abbe-Platz 2
07743 Jena, Germany
--
Prof. Dr. Sebastian Boecker, Lehrstuhl fuer Bioinformatik
Currently visiting: Biomathematics Research Centre
PB 4800, University of Canterbury, Christchurch, New Zealand
Office 616, Phone +64 3 3642987 ext 8876, Fax +64 3 3642587
http://bio.informatik.uni-jena.de/
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